理解意识如何涌现于脑，这个概念困境在历史上类似于19世纪和20世纪初期关于活力论和遗传机制的争论。作为遗传基础的化学规律让人极其费解。储存在一个细胞中的所有信息如何说明一个独一无二的个体？这些信息是如何被复制并被传递给这个细胞的后代的？在当时被人们所知的这个简单分子是如何使卵发育成为成人的？

威廉·贝特森（William Bateson），英格兰遗传学领域的领军人物，在1916年恰如其分地表述了这个困惑：

生物属性以某些方式附属于一个物质基础，或许在某种程度上附属于核染色质；可是难以置信的是，无论多么复杂，染色质或任何其他物质粒子是如何拥有我们的因子或基因必然获得的力量（原文如此）。染色质的粒子（在任何已知的测试中彼此难以区分，而且几乎是同质的）通过它们的物质本性赋予事物以生命属性，这个猜想超越了甚至最令人信服的物质主义的范围。

为了解释生命，学者援引了神秘的活力论的力量、亚里士多德的圆满实体（entelechy）、叔本华（Schopenhauer）的现象意志或者柏格森（Bergson）的生命活力。其他学者（例如他们中以薛定谔方程闻名的物理学家欧文·薛定谔（Erwin Schrödinger））则诉求新的物理学定律。化学家无法想象线状分子中四种类型的核苷酸的确切顺序是理解生命的关键。遗传学家低估了大分子存储巨量信息的能力，他们也不曾理解蛋白质惊人的特异性，这些特异性是经过几十亿年自然选择行动造成的。但是生命这个特殊的困惑最终会被解开。我们现在知道生命是一种涌现现象，并且能最终被还原为化学和物理学。任何活力论的力量或能量都不能将这个无机的死寂世界与有机的生命世界分离开。

缺乏明确的分界线对涌现而言是非常典型的情况。像H2O这样的简单分子显然不是活的，而细菌则是。但是导致疯牛病的朊病毒蛋白质呢？病毒呢？是死的还是活的？

如果意识是一种涌现现象，最终可还原为神经细胞的交互作用，那么一些动物就可能有意识而另一些动物则不可能有意识。微型脑——想想著名的秀丽隐杆线虫（Caenorhabditis elegans），还没有字母l大，它的脑恰好有302个神经元，可能没有心智。大尺寸的脑（一个人有160亿个神经元）有心智。这种涌现与物理思维的基本训诫——无中不能生有，不一致，这是一个原始守恒律（Ur-conservation law）。如果最初这里什么也没有，那么增加一点不会带来什么差别。

我过去曾是一名意识涌现于复杂神经网络观点的支持者，只要读一下我早期的《意识探秘》（Quest）一书，就可以明白这一点。但是经过这些年，我的想法改变了。主体性根本不同于任何作为涌现现象的物理事物。蓝色根本不同于眼睛视锥细胞中的放电活动，尽管我完全知道后者是前者的必要条件。一个内在于我的脑且无法从外部推断，而另一个具有客观属性，可以被外部观察者获得。这个现象属性来自不同于物理现象的领域，服从不同的规律。我没有看到能够通过更多神经元来弥合无意识生物与有意识生物之间分界的任何方式。

存在涌现和还原论的一个清楚的替代选择，这个选择对像我自己这样隐蔽的柏拉图主义者而言是无法抗拒的。在18世纪早期，莱布尼茨在其单子论中开宗明义地讲道：

1. 我们将在这里讨论的单子（The MONAD）——不过是一个成为复合物一部分的单质——是简单的，即没有组分。

2. 而既然存在复合物，就必然存在单质；因为复合物不过是简单物的一个集合或聚合。

这个观点的确要付出许多人不愿承担的形而上学的代价，即承认体验（功能性脑的内在视角）是根本不同于导致它的物质事物以及体验不曾完全还原为脑的物质属性。