陆军军医大学西南医院神经外科于1959年创建，科室现已成为在全国有重大影响力的神经外科临床诊疗、教学和科学研究中心，是国家重点学科、国家临床重点专科、全军首批临床重点专科、全军神经外科研究所、全军神经创伤防治重点实验室和军队后勤专业实验室；重庆市重点学科、重庆市神经外科临床医学研究中心、重庆市脑科学协同创新中心牵头单位、重庆市精准神经医学与神经再生修复重点实验室；临床医学博士后流动站站内学科，博士、硕士授予权学科；拥有国家973项目首席科学家团队、国家重点研发项目首席专家团队、中国名医百强专家团队、王忠诚中国神经外科医师奖团队、陆军科技英才团队、重庆市英才团队；是中国住院医师规范化培训外科（神经外科方向）专业基地、中国神经外科专科医师规范化培训基地、国家卫生健康委能力建设和继续教育中心神经介入进修与培训基地、国家卫生健康委能力建设和继续教育中心神经外科进修与培训基地、国家卫生健康委能力建设和继续教育中心县级骨干师资培训基地。

神经外科分本部和江北院区，本部工作人员199人，含医疗34人，护理103人，医技20人，专职科研人员19人，其他人员23人；其中，正高6人，副高26人，博士生导师6人，硕士生导师11人。现开展床位199张（神经重症监护室30张床），由脑胶质瘤治疗中心、脑血管病诊治中心、癫痫诊治中心、3.0T磁共振精准诊疗中心、DSA复合手术精准诊疗中心、高压氧治疗中心、神经电生理检查室、神经外科实验室和陆航医学教研室组成；在神经系统创伤的救治与神经功能重建、出血性脑卒中防治、脑外伤的精准综合诊治与前沿研究、颅底肿瘤、脑干肿瘤、脑血管疾病及脊髓血管病变的微创外科手术及介入治疗方面优势突出，在国内率先开展多模态导航与术中唤醒下脑深部肿瘤切除术、经鼻蝶内镜颅底肿瘤微创和血肿精准清除术、骶管囊肿填塞术；学科亚专业分为颅脑创伤、脑血管病及神经介入、脊柱脊髓疾病、显微镜和内镜技术联合应用为特色的个体化微创颅底外科、功能神经外科、神经重症（NICU）、儿童与老年神经外科、康复外科等；拥有神经影像导航系统、视频脑电系统、移动CT、中国最大的高低压氧舱群、双荧光手术显微镜、高清脑内窥镜及直升机模拟飞行训练系统等医教研仪器设备，总价值逾2亿元；同时，拥有3.0T术中核磁共振复合手术室（MRI）和术中DSA复合手术室。年门诊量4万余人次，年手术量3000余人次。