虽然我们以为脑静脉窦管腔宽阔，其内血栓负荷大，但这只是相对于脑动脉系统而言的。而对于肺动脉主干及其主要分支来说，脑静脉窦管腔的尺寸就显得很小了，静脉窦内的所谓“大血栓”即使真的脱落栓塞肺动脉，也不会阻塞肺动脉主干或其主要分支，而只能阻塞远端肺动脉分支。实际上，脑静脉窦血栓在介入过程中很难有“大血栓”脱落到肺动脉的。

慢性机化血栓质地坚韧，介入操作中很难有大块机化血栓脱落，顶多有一些很小的机化血栓碎屑脱落。而亚急性血栓质地粘滞，介入操作时并不易碎裂脱落。急性血栓质地松软，介入操作下容易碎裂，但大部分会被导管抽吸或支架取栓移除到体外，只有少数会脱落。即使是发生了碎裂血栓脱落，也不全部都会栓塞到肺动脉。

介入操作时会有长鞘或中间管置于迂曲的乙状窦管腔内，稍大一点的脱落血栓会被挡在此位置，而被后续的导管抽吸或支架取栓操作移除到体外。

颈内静脉属外周大静脉，在汇入头臂静脉位置有静脉瓣结构，能够挡住较大的血栓，只会允许一些小尺寸的血栓通过，这不会引起明显的肺栓塞。

脑静脉窦血栓介入治疗患者均已在接受抗凝治疗，术中也会使用一些普通肝素抗凝。因而，介入过程中，即使是有一些小血栓栓塞肺动脉，在持续抗凝状态下，通常不会导致什么严重后果。