2001年经原卫生部备案，科技部和国家科学技术奖励工作办公室批准，中华医学会设立了中华医学科技奖（奖励编号0007），成为首批注册登记的26个社会力量所设奖项之一。

中华医学科技奖是面向全国医药卫生行业的科技奖项，下设奖种包括医学科学技术奖、医学科学技术普及奖、卫生管理奖、国际科学技术合作奖、卫生政策奖和青年科技奖，每年评审和授奖一次，旨在奖励在医药卫生领域科学技术进步活动中做出突出贡献的组织和个人。其中医学科学技术奖、医学科学技术普及奖、卫生管理奖和青年科技奖以项目为载体，通过对优秀的医学科研成果进行评审，授予获奖项目及其完成单位和完成人；国际科学技术合作奖授予对中国医学科学技术发展做出重要贡献的外国人；卫生政策奖由时任原卫生部部长、中华医学会会长陈竺院士提议并捐资支持，于2012年设立，授予在卫生政策研究、制订、执行或实施等领域做出突出贡献者。

中华医学会始终秉持“公平、公正、公开”的原则办奖、评奖、授奖，形成了“两审、三公示（布）、一确认”的评审奖励程序，全程接受行业社会监督；每年有包括院士、专科分会主任委员等在内的专家教授300余位参与评审。获奖成果涵盖了基础医学、药学、生物医学工程学、临床医学、预防医学、中医中药学、卫生管理学、医学科普、国际合作、卫生政策等中、西医学和管理科学，获奖项目尤其是一等奖项目在一定程度上代表了我国目前医学科学技术的领先水平。

中华医学会从中华医学科技奖获奖项目中择优遴选提名国家科技奖，截至2020年共提名国家科技奖104项，其中有45项获奖，中奖率明显高于国家科技奖的平均中奖率。2015年中华医学科技奖获奖项目“以防控人感染H7N9禽流感为代表的新发传染病防治体系重大创新和技术突破”，经中华医学会提名荣获2017年国家科技进步特等奖，实现了医药卫生领域特等奖零的突破。2020年经中华医学会提名的“钟南山呼吸疾病防控团队”荣获国家科技进步奖创新团队。