一例儿童肿瘤患者根据DNA甲基化谱分析和FOXR2蛋白过表达的分子特征可以诊断为FOXR2激活的 CNS 神经母细胞瘤（NBL），但在组织学检查中发现GFAP阳性及Syn阴性，这与FOXR2激活的CNS 神经母细胞瘤的组织学特征（Olig2和Syn表达阳性，GFAP和Vimentin表达阴性）不符，患者的组织学特征倾向于儿童高级别胶质瘤，这表明了FOXR2的异常激活驱动了肿瘤的发生，导致了甲基化图谱的改变。
在患者的WGS测序数据中发现有一段soft-clipped reads，这段reads 位于FOXR2的1号内含子区域。包含 poly-A 或 L1基因 5'UTR 序列，表明这段区域可能是L1基因插入，LINE-1（L1） 是人类基因组中唯一具有自主转座能力的转座子。通过PCR扩增出约3kb插入片段，通过测序鉴定片段是一个5' 倒置的L1插入，带有一个几乎完整的L1 5'UTR区段。
RNA-seq 数据鉴定这是一个嵌合 L1 /FOXR2转录本，该转录本跨越 L1 5'UTR 的前97bp，从已知的L1剪接供体位点到FOXR2 2号外显子的受体位点，表明 L1 启动子激活了FOXR2转录。为了进一步确认FOXR2 L1的启动子活性，对患者样本进行了亚硫酸氢盐测序，发现源6p24.1 L1 5'UTR的CpG位点保持高甲基化（即无活性），而FOXR2 L1片段的 5'UTR CpG位点出现低甲基化，这表明在肿瘤中L1启动子驱动FOXR2基因的异常转录。
分析患者肿瘤分子发展过程：在肿瘤发展早期L1基因插入FOXR2基因中导致FPXR2基因激活表达，这个变异是肿瘤发生的早期事件但一直存在，在肿瘤复发后测序仍然存在，同时在复发后测序发现一个TP53 p.R175H新发变异。
与先前报道的L1介导的肿瘤抑制因子的失活相比，本研究提出了L1启动子激活作为一种新的癌症起始机制的第一个例子。为了进一步确认，筛选了另外183个儿科HGG样本和22个CNS 肿瘤，但没有观察到另一个L1/ FOXR2融合，可能是由于CNS肿瘤中L1低活性。
该项研究发现，L1基因逆转录转座机制在高级别胶质瘤中的作用机制，为研究非编码区基因组驱动提供新方向。这种组织学特征是HGG而分子特征是FOXR2激活的CNS NBL肿瘤的最佳治疗策略需要进一步研究，这可能涉及评估FOXR2激活。
参考文献
作者简介
关建维
南方医科大学珠江医院小儿神经外科 博士 主治医师
广东省康复医学脑功能检测与调控康复分会 理事
中国医药教育协会儿童临床用药评价分会 委员
从事神经外科专科工作10年余，其中小儿神经外科5年
专业特长：有丰富的脑外伤、脑出血、脑肿瘤诊治的临床基础，尤其擅长于婴幼儿颅缝早闭（狭颅症）、脑（脊）膜膨出、先天性脊髓栓系综合征、先天性脑积水、痉挛性脑瘫以及痉挛性斜颈等多种全身痉挛性疾病的综合治疗
周铭
南方医科大学珠江医院小儿神经外科医师
现任广东省精准医学应用学会脑活检技术分会委员
广东省脑发育与脑病防治学会癫痫病学分会委员
参与多项国家自然科学基金和广东省自然科学基金，发表SCI 2篇
有多年神经外科临床工作基础，对脑肿瘤、脑外伤、脑血管病、脑积水有较为丰富的临床经验，近年来在处理好成人神经外科手术的基础上，致力于攻克小儿神经外科难题，并往小儿难治性癫痫外科方向发展
“阔然生物医药科技（上海）有限公司（Shanghai KR Pharmtech, Inc. , Ltd.）”简称“阔然基因”，成立于2015年，总部位于上海，专注于精准医学转化研究与应用，致力于提供多应用场景的一站式分子诊断解决方案。旗下拥有三家高新技术企业和一家专精特新小巨人企业，拥有上海和徐州双研发中心、两家医学检验实验室（“零缺陷”通过CAP权威认证）和精准医学科技研究院，凭借“服务+产品”双重模式开展肿瘤分子诊断、肿瘤免疫微环境检测等业务。首创NGP（下一代病理）+NGS（下一代测序）的临床新应用服务，推动精准医学发展、行业联盟及行业标准的建立，注重分子诊断试剂产品研发、注册、生产和销售，目前拥有6款IVD产品注册申报储备，服务中国500余家医院和科研机构，建立了庞大的基因组数据库，秉承“践行精准医疗”的使命，推动我国医疗事业发展。
阔然基因脑胶质瘤分子诊断系列产品（CaptioX-G）是一款以NGS技术为基础的检测产品。CaptioX-G产品的开发主要以2016年WHO中枢神经系统肿瘤分类、胶质瘤诊疗规范（2018年版）、NCCN指南和cIMPACT-NOW update 1-7为依据，其涉及脑胶质瘤的分子分型（IDH、1p/19q、ATRX、TERTp）、化疗药物(MGMT)和潜在靶向药物相关的基因(MET、FGFR、NTRK、BRAF等)。CaptioX-G系列产品还能对1p/19q和7/10号染色体拷贝数变异进行检测，辅助IDH野生型的较低级别星型胶质细胞瘤和IDH突变型的星形胶质细胞瘤的再分类。CaptioX-G系列产品包括成人脑胶质瘤分子分型（CaptioX-G1）、儿童脑胶质瘤分子分型（CaptioX-pG1）、脑胶质瘤分型用药（CaptioX-G2）等产品，能满足广大脑胶质路患者分子诊断需求。
