美国马萨诸塞州坎布里奇基础医学公司的Erik A. Williams等在临床综合基因组分析计划数据库中收集8例乳头状特征区域>50%的乳头状脑膜瘤与22例在其它亚型中具有局灶性(特征区域占10-50%)乳头状特征脑膜瘤,研究其基因组学特点。相关结果发表在2020年7月的《Acta Neuropathol》杂志。
——摘自文章章节
【Ref: Williams EA, et al. Acta Neuropathol. 2020 Jul;140(1):89-93. doi: 10.1007/s00401-020-02161-7. Epub 2020 May 13.】
研究背景
乳头状脑膜瘤(PM)是WHO分级Ⅲ级肿瘤。在组织学上,大于50%的PM内肿瘤细胞在血管周围呈假乳头状生长。脑膜瘤的乳头状生长与脑内肿瘤侵袭有关。美国马萨诸塞州坎布里奇基础医学公司的Erik A. Williams等在临床综合基因组分析计划(CGP)数据库中收集8例乳头状特征区域>50%的乳头状脑膜瘤与22例在其它亚型中具有局灶性(特征区域占10-50%)乳头状特征脑膜瘤,研究其基因组学特点。相关结果发表在2020年7月的《Acta Neuropathol》杂志。
研究方法
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作者在CAP/CLIA认可的实验室中分析样本。从40μm厚石蜡包埋的切片中提取DNA,并通过杂交捕获的文库中进行CGP分析。对236个或315个基因以及19个或28个基因内含子作平均覆盖深度大于650×的测序。采用估计算法测定基因组DNA的肿瘤突变负担(tumor mutational burden,TMB)研究结果
研究结果为,在8例乳头状脑膜瘤中,确定3例PBRM1失活,2例PBRM1截断突变和1例PBRM1纯合性缺失。22例局灶性乳头状脑膜瘤中,8例是PBRM1突变型。在30例具有局灶性乳头状的病例均存在PBRM1失活。所有WHO分级的562例脑膜瘤中,作者还发现另5例未显示明显的乳头状形态的H&E染色病理样本中,存在PBRM1失活变化。16例PBRM1突变病例内,11例(69%)为具有乳头状组织学特征的脑膜瘤。这个结果支持乳头状特征与PBRM1突变之间有显著相关性(p<0.0001)。
在16例PBRM1突变病例中,检测到的PBRM1突变包括6个基因内缺失、4个移码插入、4个移码删除和2个截断突变。通过SNP阵列分析和突变等位基因计数数据分析,结果均显示双等位基因失活。
TMB中位数为2.1突变/Mb,所有病例均为微卫星稳定患者。大多数PBRM1突变型脑膜瘤发生在女性,占10例(62.5%),年龄中位数为51岁。10例位于幕上。PBRM1突变与BAP1突变的高频重叠是另一个显著特征,占5例。该5例中,3例表现为乳头状特征,2例呈横纹肌状特征。对562例脑膜瘤的分析证实,BAP1突变与横纹肌状特征有关联,其中17例BAP1突变型或PBRM1突变型脑膜瘤中,13例具有横纹肌病特征。值得注意的是,BAP1突变型或PBRM1突变型脑膜瘤经常具有乳头状形态特征(11例中占7例)。可见BAP1突变型倾向于在横纹肌瘤中发生,而PBRM1突变型倾向于在乳头状脑膜瘤中发生。
结论
作者的研究结果,将抑癌基因PBRM1确定为具有乳头状组织形态的脑膜瘤反复发生的突变基因。作者将进一步研究,评估PBRM1突变型脑膜瘤的预后,以及确定该突变是否是独立的预后生物标志物。