德国斯图加特弗劳恩霍夫研究所的Silke Grumaz等评估二代测序（next-generation sequencing，NGS）对于脓毒症患者的诊断效能，并与血培养（blood culture，BC）结果对比，结果发表在2019年5月的《Critical Care Medicine》上。
——摘自文章章节
【Ref: Grumaz S, et al. Crit Care Med. 2019 May;47(5):e394-e402. doi: 10.1097/CCM.0000000000003658.】
研究背景
及早地检出脓毒症休克患者的感染微生物，能有针对性地抗菌治疗，可改善患者预后和减少抗生素副作用。目前，血培养是诊断脓毒症的金标准，但在许多情况下血培养结果的敏感性和特异性都比较低；因此，早期抗感染治疗主要靠经验用药。德国斯图加特弗劳恩霍夫研究所的Silke Grumaz等评估二代测序（next-generation sequencing，NGS）对于脓毒症患者的诊断效能，并与血培养（blood culture，BC）结果对比，结果发表在2019年5月的《Critical Care Medicine》上。
研究方法
作者收集2013年11月至2015年1月48例在德国海德堡大学医院外科ICU诊断为脓毒症患者的临床资料。在脓毒症发病时（TO）、发病后第1天（T1）、第2天（T2）、第7天（T3）、第14天（T4）、第21天（T5）和第28天（T6）收集患者血液样本。将20例腹部手术后无任何感染征象的患者作为对照组，在术前（T0）、术后即刻（T1）和术后24小时（T2）采集血液样本。从血液样本中提取游离循环核酸（cell-free DNA），用于制备NGS库进行测序。由专门小组进行生物学信息处理以及脓毒症量化评分（sepsis indicating quantifier，SIQ）。
该研究共纳入48例脓毒症休克患者。43例感染源于腹部，其中31例（65%）腹膜炎所致；4例（8%）源于肺，1例（2%)源于泌尿道。发病28天和90天分别有9例（19%）和15例（32%）患者死亡。入住ICU和住院平均天数分别为20天和47天。脓毒症患者的器官相继衰竭评估评分（Sequential Organ Failure Assessment score，SOFA score）平均为11分。
七个不同时间点共采集得256份脓毒症患者血液样本用于NGS和BC检测。由于少数样本未达到规定的质量标准，可用于分析的脓毒症患者血液样本239份，对照组34份。
研究结果
结果发现，脓毒症患者发病时（T0）的血液样本中，33%（16/48）血培养阳性，72%（32/44）NGS结果阳性，并检出相关病原菌。所有时间段血液样本中，11%（29/256）血培养阳性；对239份cell-free DNA样本进行NGS分析和SIQ计分，总共获得169个（71%）阳性结果。27例血培养阳性患者中，13例（48%）病原菌为凝固酶阴性的葡萄球菌或丙酸杆菌。3例为白色念珠菌或假丝酵母菌感染的真菌血症。
以BC作为金标准参考时显示，17例的BC和NGS检出均呈阳性，敏感性为62.96%（17/27）。排除BC的假阳性结果后，10例的BC和NGS检出呈阳性，敏感性71.43%，特异性分别为28.30%和29.33%，阳性预测值10.06%和5.92%，阴性预测值为85.71%和94.29%。
作者进一步评估前三个时间点（T0、T1、T2）NGS结果的临床真实性。在121个样本中，88个（73%）SIQ阳性，33个（27%）阴性；相对应的131个BC样本中，17个（13%）阳性，114个（87%）阴性。SIQ阳性样本的真实性达96%；SIQ阴性样本的真实性为61%。
根据SIQ评分，作者对53%患者调整抗生素治疗（antimicrobial therapy，AT）方案，建议抗生素降级的占80%，抗生素升级的占20%。将患者分成两组，第1组24例，依据NGS结果改变抗生素使用方案；第2组17例继续原抗生素治疗方案。第1组在28天时和90天时的死亡率分别提升13%和14%。与第2组相比，第1组在28天的观察期间，抗生素的消耗量显著增加。
结论
最后作者认为，与BC相比，应用NGS检测脓毒症的病原菌有较高的敏感性和特异性，能为重症监护医师提供有价值的抗生素使用方案，治疗临床症状复杂的脓毒症患者。
