神经外科成立于1990年10月，是国家级住院医师规范化培训神经外科专业基地、十三五国家重点研发计划项目DBS远程程控中心、北京天坛医院专科疾病联盟成员单位、云南省神经系统疾病临床医学分中心、云南省临床重点专科、曲靖市临床重点专科、昆明医科大学神经外科硕士培养基地、曲靖市医学会神经外科专业委员会主委单位、曲靖市神经外科护理质量控制中心。目前科室设2个病区，开放床位87张，设有神经重症加强治疗监护病房，开放床位21张，是目前省内最大的专科神经重症病区。

科室注重发展学术、学风和对外交流学习，与北京天坛医院、北京积水潭医院和首都医科大学三博脑科医院等医院定期交流与合作。荣获曲靖市科学进步奖9项，其他奖项36项；协作完成国家“十五”攻关课题“脑卒中规范化外科治疗技术推广技术研究”项目，参与国家卫健委脑卒中防治工程筛查工作。