山东大学附属儿童医院神经外科是山东省内最早专门从事小儿神经系统疾病诊疗研究的科室。目前有专业从事小儿神经外科医师9人，均为硕士研究生以上学历，开放床位44张，年手术量500余台。科室专门配备有超高清手术显微镜、美敦力动力系统、头架、神经电生理监测仪，神经导航、脑室镜，超声骨刀，O型臂及CUSA等国际先进仪器设备。

目前科室主要从事各种颅脑外伤、颅内出血、颅脑血管疾病、颅内肿瘤，先天发育异常、脑积水、颅缝早闭、脊髓栓系、脊柱裂、椎管内肿瘤等疾病。科室特色专业包括脑积水综合诊疗、狭颅症漂浮骨瓣成形术(采用3D打印精准治疗)，Peek婴幼儿颅骨缺损修补术，神经电生理监测下先天性脊髓拴系松解术，烟雾病间接血运重建术，神经电生理监测下脑瘫SDR手术等。多项诊疗特色项目填补省内小儿神经外科空白。

对于国家卫生计生委妇幼司、中国出生缺陷干预救助基金会联合开展先天性结构畸形救助项目，针对脑膜膨出、脑积水、脊髓栓系、颅缝早闭、小脑扁桃体下疝畸形等先天性结构疾病提供救助申请，目前已合计资助近百个家庭，救助资金过100万元。